由于總面積是一定的，而許多第三方物流企業(yè)在建造自動化立體倉庫時只重視辦公、實驗(包括研發(fā))的面積，卻忽視了庫房面積，因此造成了這種局面，即為了滿足庫容量的需要，只好通過向空間發(fā)展來達到要求。但是貨架越高，機械設備的采購成本和運行成本也就越高。除此之外，由于自動化立體倉庫內優(yōu)的物流路線是直線形的，但在倉庫設計時往往會受到平面面積的限制，造成本身物流路線的迂回(往往是s形，甚至是網狀)，這會增加許多不必要的投入和麻煩。

不管自動化立體倉庫的自動化程度有多高，具體運作時仍需要一定的人工勞動，因此工作人員的數量要合適。人員不足會降低倉庫的效率，太多又會造成浪費。自動化立體倉庫采用了大量的設備，因此對人員的素質要求比較高，人員素質跟不上，同樣會降低倉庫的吞吐能力。第三方物流企業(yè)需要招聘的人才，并對其進行的培訓。

自動化立體倉庫的上游、下游及其內部各子系統的協調，有一個木桶效應的問題，即短的那一塊木板決定了木桶的容量。有的倉庫采用了很多的高科技產品，各種設施設備也非常，但是由于各子系統間協調性、兼容性不好，造成整體運作能力比預期差很多。

傳統倉庫只是貨物儲存的場所，保存貨物是其的功能，是一種“靜態(tài)儲存”。自動化立體倉庫采用的自動化物料搬運設備，不僅能使貨物在倉庫內按需要自動存取，而且可以與倉庫以外的生產環(huán)節(jié)進行有機的連接，并通過計算機管理系統和自動化物料搬運設備使倉庫成為企業(yè)生產物流中的一個重要環(huán)節(jié)。企業(yè)外購件和自制生產件進入自動化倉庫儲存是整個生產的一個環(huán)節(jié)，短時儲存是為了在的時間自動輸出到下一道工序進行生產，從而形成一個自動化的物流系統，這是一種“動態(tài)儲存”，也是當今自動化倉庫發(fā)展的一個明顯的技術趨勢。

合理布置自動化立體倉庫的總體布局及物流圖
一般來說，自動化立體倉庫包括：入庫暫存區(qū)、檢驗區(qū)、碼垛區(qū)、儲存區(qū)、出庫暫存區(qū)、托盤暫存區(qū)、不合格品暫存區(qū)及雜物區(qū)等。規(guī)劃時，立體倉庫內不一定要把上述的每一個區(qū)都規(guī)劃進去，可根據用戶的工藝特點及要求來合理劃分各區(qū)域和增減區(qū)域。同時，還要合理考慮物料的流程，使物料的流動暢通無阻，這將直接影響到自動化立體倉庫的能力和效率。
節(jié)約倉庫占地面積，使倉庫的空間實現了充分的利用。由于自動化立體倉庫采用大型倉儲貨架的拼裝，又加上自動化管理技術使得貨物便于查找，因此建設自動化立體倉庫就比傳統倉庫的占地面積小，但是空間利用率大。在發(fā)達國家，提高空間的利用率已經作為系統合理性和性的重要考核指標。在提倡節(jié)能環(huán)保的今天，自動化立體倉庫在節(jié)約占地資源上有著很好的效果，也是必將使未來倉儲發(fā)展的一大趨勢。