進口原材料受天氣、國際市場變化等因素影響。今年以來日益的全球糧食危機對國際生物燃料產(chǎn)生了直接影響。生產(chǎn)工藝不成熟?，F(xiàn)有成熟工藝存在著燃料穩(wěn)定性不夠或潤滑性差等缺點。
目前，生物燃料用于世界各地的航空試飛。大多數(shù)生物燃料是按一定比例添加到傳統(tǒng)航空燃料中的。雖然世界上大多數(shù)航空公司進行的飛行試驗結(jié)果表明，生物燃料和傳統(tǒng)燃料的混合可以在不改變飛機發(fā)動機結(jié)構(gòu)的情況下提高飛行效率，生物燃料是否足夠安全，以及它們是否會腐蝕或侵入發(fā)動機材料，但還需要進一步的討論和驗證。
產(chǎn)品成本高。以生物航空燃料為例，其成本是石油航空煤油的數(shù)倍，在成本上沒有競爭優(yōu)勢。雖然航空公司也會購買一定數(shù)量的生物航空燃料，但考慮到成本，購買量不會很大。此外，成品油的生產(chǎn)還將產(chǎn)生外部間接成本。
例如，為了監(jiān)督廢油的去向，促進廢油的回收和利用，英國已迫使餐館安裝烹飪廢油回收系統(tǒng)；荷蘭廢油回收由資助，降低了生物航空燃料精煉企業(yè)的高回收成本；在日本，廢油由回收公司回收，并由購買。如果生物燃料要完全取代石油產(chǎn)品，不僅需要解決成本問題，還需要建立一個完整的生物燃料供應(yīng)鏈。
此外，可以制定政策，引導(dǎo)消費者積極參與生物燃料的使用。歐盟航空公司開發(fā)了碳排放交易系統(tǒng)，并為航空公司規(guī)定了碳排放配額。在該系統(tǒng)中，以2004年至2006年往返歐盟的航空公司的年平均碳排放量作為該航空公司的排放基線。
20世紀70年代，美國能源部為了發(fā)展可持續(xù)能源，對微藻進行了大規(guī)模的收集、篩選和鑒定，終獲得了300多種產(chǎn)油微藻，即脂類占細胞干重20%以上的微藻。其中，小球藻微球菌的脂比高達68%。據(jù)估計，藻類的年產(chǎn)油量可達到每公頃養(yǎng)殖面積15000至80000升。
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