生物有機肥中的有益微生物進入土壤后與土壤中微生物形成相互間的共生增殖關(guān)系，抑制有害菌生長并轉(zhuǎn)化為有益菌。

相互作用，相互促進，起到群體的協(xié)同作用，有益菌在生長繁殖過程中產(chǎn)生大量的代謝產(chǎn)物，促使有機物的分解轉(zhuǎn)化。

包括：多種有機酸、肽類以及包括氮、磷、鉀在內(nèi)的豐富的營養(yǎng)元素。不僅能為農(nóng)作物提供全面營養(yǎng)，而且肥效長，可增加和更新土壤有機質(zhì)，促進微生物繁殖，改善土壤的理化性質(zhì)和生物活性，是綠色食品生產(chǎn)的主要養(yǎng)分。
直至19世紀(jì)，德國的苜蓿種植者和美國的一些大豆種植者，他們利用苜蓿田或大豆田的土壤，轉(zhuǎn)移接種至新的農(nóng)田，從而使作物產(chǎn)量得到提高。
1838年，法國農(nóng)業(yè)化學(xué)家布森高（J.B.Boussingault）發(fā)現(xiàn)了豆科植物能固定氮。并于1843年建立了個農(nóng)業(yè)試驗站，對各種輪作制中作物產(chǎn)量和成分進行了較為的分析。
生物有機肥是指特定功能微生物與主要以動植物殘體（如畜禽糞便、農(nóng)作物秸稈等）為來源并經(jīng)無害化處理、腐熟的有機物料復(fù)合而成的一類兼具微生物肥料和有機肥效應(yīng)的肥料。生物有機肥相比化肥的優(yōu)勢生物有機肥營養(yǎng)元素；化肥營養(yǎng)元素只有一種或幾種。生物有機肥能夠改良土壤；化肥經(jīng)常使用會造成土壤板結(jié)。生物有機肥能提高產(chǎn)品品質(zhì)；化肥施用過多導(dǎo)致產(chǎn)品品質(zhì)低劣。
生物有機肥經(jīng)高溫腐熟，殺死了大部分病原菌和蟲卵，減少病蟲害發(fā)生；精制有機肥未經(jīng)腐熟，在土壤中腐熟時會引來地下害蟲。生物有機肥中添加了有益菌，由于菌群的占位效應(yīng)，減少病害發(fā)生；精制有機肥由于高溫烘干，殺死了里面的全部微生物。生物有機肥養(yǎng)分含量高；精制有機肥由于高溫處理，造成了養(yǎng)分損失。生物有機肥經(jīng)除臭，氣味輕，幾乎無臭；精制有機肥未經(jīng)除臭，返潮即出現(xiàn)惡臭。
生物有機肥相比農(nóng)家肥的優(yōu)勢生物有機肥完全腐熟，蟲卵死亡率達到95%以上；農(nóng)家肥堆放簡單，蟲卵死亡率低。生物有機肥無臭；農(nóng)家肥有惡臭。生物有機肥施用方便，均勻；農(nóng)家肥施用不方便，肥料施用不均勻。生物有機肥相比生物菌肥的優(yōu)勢生物有機肥價格便宜，每噸在1000多元左右；生物菌肥價格昂貴，每噸上萬元。生物有機肥含有功能菌和有機質(zhì)，能改良土壤促進被土壤固定養(yǎng)分的釋放。